"Qué inapropiado llamar Tierra a este planeta, cuando es evidente que debería llamarse Océano" A. Clarke

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12/11/08

Utilización de microsatélites como marcadores moleculares

Desde hace dos semanas estoy realizando una estancia de investigación dentro del Grupo ACUIGEN en la Facultad de Veterinaria de la Universidad de Santiago de Compostela en el Campus de Lugo.
Voy a estar con ellos un mes y de momento la experiencia está siendo muy enriquecedora, tanto personal como profesionalmente. Mi objetivo es profundizar en temas de marcadores genéticos en peces, sobre todo rodaballo y lenguado.

Desde hace unos años los marcadores microsatélites están siendo utilizados como herramienta genética a la hora de buscar parentescos y trazar filogenias.
Los marcadores microsatélite, también llamados STRs (Short Tandem Repeats) o SSRs (Simple Sequences Repeats), son secuencias de ADN constituidas por repeticiones en tándem de unidades formadas por 1 a 6 nucleótidos. El significado funcional de estas secuencias es desconocido, aunque su presencia fue asociada originalmente a algunas enfermedades. La variación del número de repeticiones es lo que constituye los múltiples alelos, llegando a ser marcadores muy polimórficos. Este alto nivel de polimorfismo se debe a un enorme potencial de variación que obedece a la facilidad con la que se cometen errores durante la replicación por deslizamiento de la ADN polimerasa.
A partir de ellos se puede obtener información muy diversa relacionada con la estructura genética, con la consanguinidad y con la estimación de parentesco entre individuos o grupos de individuos. Su análisis se basa en la amplificación por PCR siendo la cantidad necesaria de ADN mínima.
La utilización de los modernos secuenciadores permite la amplificación y análisis de varios microsatélites es una misma reacción, es lo que se conoce como análisis multiplex.

Aquí os dejo una fotografía de un gel de agarosa (1%) en el que se puede identificar una banda de unos 200 pb justo por encima de los primers y que se correspondería con un microsatélite de rodaballo. La extracción del ADN se hizo mediante la resina Chelex y la amplificación por PCR.


3 comentarios:

Consu dijo...

Hola!! Qué bueno que estés de estancia y que te esté yendo bien en Lugo. ¿cómo es la ciudad? Nunca he estado. Suerte con los microsatélites... yo estoy en medio de una extracción de ADN de pulpitos. Pero a mí me han dicho que utilice el método tradicional con cloroformo:alcohol isoamil, así que es mucho más laborioso que el Chelex...
Un saludo!!

Jorge Hernández Urcera dijo...

Hola Consu, la ciudad es muy bonita ya que la muralla y la catedral le dan un toque mágico, sobre todo de noche. Lo malo es el frío que cala en los huesos...
Aquí también están haciendo extracciones con fenol-cloroformo, pero a mi con el chelex me va bien y es más cómodo. De momento con los micros bien, esperemos que todo siga así.
Gracias por lo del calendario, cuando comiencen a venderlos avisaré.
Un saludo

Consu dijo...

Sí, en mi lab también se usa el Chelex, pero mi jefe no quiere usarlo para mis muestras... y se "pierde" mucho tiempo... NO usamos cloroformo:fenol, sino sólo cloroformo:alcohol isoamil...
Y nada... a abrigarse mucho...